Konstrukcja bloku

Technika real-time PCR jest wielokrotnie czulsza od standardowego PCR i tym samym bardziej wrażliwa na błędy wynikające z konstrukcji aparatu. Z tego powodu najbardziej istotnym czynnikiem mającym wpływ na uzyskane wyniki jest równomierność rozkładu temperatury czyli różnica wartości temperatur mierzonych w poszczególnych próbówkach znajdujących się w bloku. Otrzymany wynik analizy, zarówno ilościowej jak i jakościowj, ściśle zależy od temperatury annealingu. Wysoka czułość systemów optycznych stosowanych w aparatach do qPCR pozwala na identyfikacje fragmentów DNA różniących się między sobą niewielką ilością nukleotydów (również SNP) lecz jednoczenie ujawnia różnice w temperaturze przyłączania primerów podczas reakcji PCR prowadzonych w poszczególnych probówkach.

Wiele blokowych systemów do Real-time PCR posiada równomierność rozkładu temperatury w bloku równą około ±0.5°C, co może być powodem uzyskania niepoprawnych wyników. Aparat Eco Real time PCR System posiada specjalnie zaprojektowany srebrny blok wypełniony termoprzewodzącą cieczą i równomiernie ogrzewany jednym elementem Peltier. Z obu stron bloku zamontowane zostały mieszadła magnetycznie sprzężone z silnikami elektrycznymi. Zapewniają one stałą cyrkulację cieczy eliminując elekt wychłodzenia bloku na brzegach oraz zapewniając bardzo dobrą równomierność rozkładu temperatury równą ±0.1°C. Konstrukcja bloku pozwala między innymi na zastosowanie w aparacie nowoczesnej techniki denaturacji DNA z wysoką rozdzielczością (HRM) bez konieczności programowej korekcji danych. Ponadto zwiększa średnią szybkość grzania i chłodzenia bloku do 5,5 °C/sek, co obniża całkowity czas typowej reakcji PCR (40 cykli) do 40 minut

System optyczny

Aparat Eco Real time PCR System posiada wysokiej klasy system optyczny umożliwiający jednoczesną akwizycję danych z czterech niezależnych kanałów.  System jest fabrycznie kalibrowany dla barwników SYBR, FAM, HEX, VIC, ROX, i Cy5. Pozostałe barwniki stosowane w technice qPCR i posiadające zakres wzbudzenia i emisji zgodny z  poszczególnymi kanałami aparatu nie wymagają dodatkowej kalibracji systemu.

Jako źródła wzbudzenia zastosowano dwa panele złożone z 48 diod LED każdy. Poszczególne dołki mikropłytki są oświetlane niezależnie, dzięki czemu zminimalizowano wzajemny wpływ kanałów pomiarowych i wyeliminowano konieczność programowej korekcji danych. Do rejestracji emitowanej fluorescencji wykorzystano wysokiej klasy kamerę CCD oraz cztery niezależne filtry emisyjne.