Dla uzyskania wiarygodnych i precyzyjnych porównań ilości białek w procesie Western blot istotne jest zastosowanie kontroli nanoszenia próbek oraz normalizacji wyników. W tym celu LI-COR oferuje pięć przeciwciał pierwszorzędowych, skierowanych przeciw białkom referencyjnym, takim jak aktyna, tubulina i COX IV. Mogą one zostać wykorzystane do normalizacji multipleksowych eksperymentów Western blot oraz walidacji metod takich, jak In-Cell Western,
Na ostateczny wynik Western blot ma wpływ zmienność związana z przygotowaniem lizatu, nanoszeniem próbek oraz procesem transferu. W celu skompensowania niekorzystnego wpływu tych czynników, można przeprowadzić normalizację z wykorzystaniem białek referencyjnych.
Podczas wyboru białek referencyjnych należy uwzględnić właściwości badanej próbki. W przypadku ilościowej analizy białek o niskiej ekspresji, należy użyć białka kontrolnego ekspresjonowanego w podobnym stopniu, takich jak np. COX IV.